項(xiàng)目簡(jiǎn)介

真菌作為自然界中的第二大生物類(lèi)群，具有豐富的物種與遺傳多樣性，在生態(tài)系統(tǒng)的多樣性維持、群落構(gòu)建以及物質(zhì)與能量循環(huán)過(guò)程中發(fā)揮重要的功能。本項(xiàng)目以真菌為研究對(duì)象，依次從其宏觀生態(tài)特征、微觀形態(tài)特征、核苷酸條形碼以及基因組角度認(rèn)知微生物，完成一個(gè)微生物新物種的描述。通過(guò)生成可靠的圖片和數(shù)據(jù)集，重建研究對(duì)象及其近緣類(lèi)群的系統(tǒng)演化關(guān)系，并運(yùn)用在海關(guān)檢驗(yàn)檢疫的實(shí)際工作中；利用多種軟件和算法解密病原菌主要致病基因/次級(jí)代謝產(chǎn)物調(diào)控基因在本類(lèi)群中的進(jìn)化關(guān)系。主要方向如下：

1. 科學(xué)描述一個(gè)微生物新物種的宏觀微觀特征

2. 生命樹(shù)（系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)）的構(gòu)建

3. 新物種基因組初步分析

   此實(shí)習(xí)項(xiàng)目適合申請(qǐng)專(zhuān)業(yè)方向?yàn)槲⑸铩⒅参锉Ｗo(hù)、森林保護(hù)、生物技術(shù)等相關(guān)專(zhuān)業(yè)的學(xué)生。學(xué)生將與中科院相關(guān)領(lǐng)域?qū)＜乙煌接懳⑸锏暮暧^微觀形態(tài)特征、系統(tǒng)演化和基因組分析，以及Linux系統(tǒng)、R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析等的相關(guān)研究和應(yīng)用，且學(xué)生可通過(guò)該項(xiàng)目了解目前組學(xué)與生物信息學(xué)在微生物領(lǐng)域的應(yīng)用現(xiàn)狀和前景。實(shí)習(xí)結(jié)束后，導(dǎo)師會(huì)根據(jù)學(xué)生表現(xiàn)，出具推薦信。對(duì)于相當(dāng)優(yōu)秀的學(xué)生，會(huì)有進(jìn)一步合作研究的機(jī)會(huì)。

   項(xiàng)目?jī)?nèi)容

   1. 科學(xué)描述一個(gè)微生物新物種：對(duì)具有典型特征的樣品在體視鏡下進(jìn)行觀察，分離獲得單孢純菌株，繼而采用微分干涉顯微鏡和電鏡進(jìn)行微觀形態(tài)特征的觀察，獲取高質(zhì)量的顯微圖片，完成一個(gè)微生物新物種的形態(tài)描述。

4. 生命樹(shù)（系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)）的構(gòu)建：如何準(zhǔn)確鑒定病原微生物，服務(wù)于農(nóng)、林和海關(guān)檢驗(yàn)檢疫部門(mén)的檢測(cè)、防治和攔截是目前行業(yè)面臨的重要關(guān)鍵問(wèn)題之一。本項(xiàng)目主要通過(guò)提取微生物的基因組，獲取DNA條形碼序列，重建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，明確目標(biāo)微生物的分類(lèi)地位。

5. 基因組大數(shù)據(jù)分析：完成一個(gè)新物種的基因組測(cè)序及初步的生物信息學(xué)分析；或完成一份環(huán)境樣品的宏基因組測(cè)序及生物信息學(xué)分析（包括Linux系統(tǒng)、R語(yǔ)言與統(tǒng)計(jì)分析等）。

   項(xiàng)目特色

   （1）本項(xiàng)目涉及的知識(shí)面較廣，如分離培養(yǎng)、形態(tài)觀察、分子實(shí)驗(yàn)操作、系統(tǒng)演化分析、Linux系統(tǒng)操作、組學(xué)分析等，因此對(duì)學(xué)生將是全方位的鍛煉。（2）本項(xiàng)目涉及到比較基因組學(xué)理論和軟件分析，能幫助學(xué)生在理論和實(shí)踐方面做深度拓展與積累。（3）本項(xiàng)目與實(shí)際需求緊密結(jié)合，能夠有效培養(yǎng)和提高學(xué)生運(yùn)用所學(xué)知識(shí)解決實(shí)際問(wèn)題的能力。

   招生對(duì)象和要求

   大二以上優(yōu)秀本科生，微生物、植物保護(hù)、森林保護(hù)、生物技術(shù)等相關(guān)專(zhuān)業(yè)，要求具備扎實(shí)的微生物或計(jì)算機(jī)編程基礎(chǔ)。為了更好的完成科研項(xiàng)目，項(xiàng)目組會(huì)以筆試或面試的形式對(duì)學(xué)生進(jìn)行篩選。

   時(shí)間安排    共四周

備注：實(shí)際安排順序可根據(jù)情況做機(jī)動(dòng)調(diào)整。